【医薬品・消耗品在庫の管理と棚卸】クリニックの棚卸資産と利益計算・税務調査対応｜医科歯科専門税理士が解説

本記事は連載「クリニック開業1年目のバックオフィス構築」（全10回）の第8回です。第7回では領収書・請求書の整理術と電子帳簿保存法対応を解説しました。本記事では、見落とされがちな医薬品・診療材料・物販などの在庫管理と期末棚卸を取り上げ、棚卸資産の評価方法・利益計算への影響・税務調査での着眼点を医科歯科専門の税理士の実務目線で整理します。

はじめに：在庫は「利益の精度」と「税務調査の安全性」を同時に左右する

第7回（領収書・請求書の整理術と電子帳簿保存法対応）までで、売上・経費・人件費・証憑管理という日々のお金の流れを整えてきました。本記事のテーマは、多くの開業医の先生が「経費で落としたから終わり」と考えてしまいがちな在庫（棚卸資産）の管理と期末の棚卸です。

医薬品や診療材料は、仕入れた時点でいったん経費に計上しますが、決算日に使い切らずに残っている分は、その年の経費ではなく「資産」として扱うのが税務上のルールです。この棚卸を省くと、次の3つの問題が同時に起こります。

• 利益計算が狂う：在庫を計上しないと、その年の経費が過大になり、利益（所得）が実際より少なく計算される
• 税務調査で否認される：在庫の計上漏れは「利益の過少計上」として、税務調査でもっとも指摘されやすい項目の一つ
• 経営判断を誤る：在庫が見えないと、適正な発注量や原価率（第9回で扱う経営数値）がつかめず、過剰仕入れ・期限切れ廃棄の温床になる

本記事では、以下の論点を実務目線で解説します。

• クリニックで「棚卸資産」になるもの・ならないものの区別
• 在庫を計上しないと利益がどう狂うのか（売上原価の計算式と数値例）
• 棚卸資産の評価方法（最終仕入原価法が基本になる理由）
• 「毎年一定量・経常消費」の消耗品は買った年に経費でよいという特例
• 期末棚卸の具体的な5ステップと棚卸表の作り方
• 医薬品・自費材料・歯科材料・物販など品目別の実務ポイント
• 期限切れ・廃棄・評価損の扱いと、税務調査での着眼点

1. クリニックで「棚卸資産」になるもの・ならないもの

1-1. 棚卸資産とは「販売・消費される物品の在庫」

棚卸資産（たなおろししさん）とは、ざっくり言えば「いずれ患者さんに使われる・販売される物品で、決算日にまだ手元に残っているもの」です。クリニック・歯科医院では、次のようなものが該当します。

• 医薬品：内用薬・外用薬・注射薬、ワクチン（インフルエンザ・各種予防接種）、麻酔薬
• 検査・処置材料：検査試薬、採血管、POCT用の試薬カートリッジ
• 診療材料：ガーゼ・縫合糸・注射針・カテーテル等のうち、消費見合いで在庫する物品
• 自費診療の高額材料：ヒアルロン酸・ボツリヌス製剤などの注入材、点滴療法の薬剤
• 歯科材料：印象材・レジン・セメント・補綴材料、矯正用ワイヤー・ブラケット、インプラント体
• 物販商品：サプリメント、化粧品、歯ブラシ・歯磨剤、コンタクトレンズ（第5回参照）

1-2. 棚卸資産にならないもの（固定資産・消耗品費）

一方、次のものは在庫（棚卸資産）ではありません。混同しやすいので整理します。

• 医療機器・器具備品：エコー・レントゲン・ユニット・オートクレーブなど「繰り返し使うもの」は固定資産（減価償却資産）。10万円未満や青色申告の少額特例（30万円未満）の範囲なら消耗品費等で一括計上
• 少額・経常消費の消耗品：手袋・マスク・消毒用エタノール・ペーパー類・事務用品など、毎年ほぼ一定量を使い切る少額の消耗品は、原則として買った年の経費（消耗品費）で処理できる（第4章で詳述）

ポイントは「消費してなくなるか／繰り返し使うか」と「決算日に意味のある量が残るか」です。残量が常に僅少で金額的重要性の低いものまで几帳面に棚卸する必要はありません。

1-3. 「貯蔵品」という勘定科目

仕入時に経費計上した医薬品・材料のうち、決算日に未使用で残った分を資産に振り替える際の受け皿が「貯蔵品（ちょぞうひん）」という勘定科目です。切手・収入印紙・未使用の燃料なども貯蔵品で処理します。クリニックの決算書では、貸借対照表の「棚卸資産」や「貯蔵品」の欄に、期末在庫の金額が計上されることになります。

2. なぜ期末棚卸が必要なのか｜利益計算の仕組み

2-1. 売上原価は「期首＋仕入−期末」で決まる

医薬品・材料の費用は、会計上「その年に消費した分だけ」が経費になります。これを計算する式が次の売上原価の算式です。

売上原価 ＝ 期首棚卸高 ＋ 当期仕入高 − 期末棚卸高

仕入れた金額（当期仕入高）をそのまま経費にするのではなく、期末に残った在庫（期末棚卸高）を差し引く点が肝心です。この「期末棚卸高」を確定させる作業が、期末の実地棚卸です。

2-2. 在庫を計上しないと利益が「過少」になる

「経費が増えるなら、在庫を計上しないほうが節税では？」と誤解されることがありますが、逆です。期末在庫を差し引かない（＝0として計算する）と売上原価が過大になり、利益が過少に計算されます。これは所得の計上漏れであり、税務調査で是正されます。具体例で見てみましょう。

期末在庫80万円を計上し忘れただけで、所得が80万円も少なく計算されています。税務調査でこれが発見されれば、80万円の所得漏れに対する追徴税額に加え、過少申告加算税・延滞税が課されます。在庫の計上は「節税」ではなく、正しい所得を出すための必須手続きだと理解してください。

2-3. クリニックの会計処理は「費用処理＋期末振替」が基本

実務では、医薬品・材料は仕入時に「医薬品費」「診療材料費」などの経費科目で処理しておき、決算日に未使用分だけを「貯蔵品」へ振り替える方法が一般的です。仕訳イメージは次のとおりです。

そして翌期首に、前期末の在庫を経費へ戻します（洗替法）。

この振替により、医薬品費の残高は「50万円（期首）＋600万円（仕入）−80万円（期末）＝570万円」となり、2-1の売上原価と一致します。クラウド会計ソフト（第2回参照）を使っていれば、決算整理仕訳として期末に1本入れるだけで完結します。

3. 棚卸資産の評価方法｜「最終仕入原価法」が基本

3-1. 評価方法には複数の選択肢がある

期末在庫の「金額」を出すには、数量に単価を掛けます。この単価の決め方（評価方法）には、税務上いくつかの選択肢があります。

3-2. 届出をしないと自動的に「最終仕入原価法」になる

新たに開業した個人事業者は、開業した年分の所得税の確定申告期限（原則として翌年3月15日）までに「棚卸資産の評価方法の届出書」を提出することで、評価方法を選べます。届出をしなかった場合は、法定評価方法である「最終仕入原価法による原価法」が自動的に適用されます。

3-3. 開業クリニックは「最終仕入原価法」で十分なことが多い

最終仕入原価法は、「期末時点で最後に仕入れた単価を、その品目の期末在庫すべてに適用する」というシンプルな方法です。直近の納品書1枚で単価が確認でき、計算負担が最も軽いため、医薬品・材料の種類が多いクリニックでは現実的な選択肢になります。当事務所でも、特別な事情がなければ最終仕入原価法（＝届出不要の法定評価方法）をそのまま使うケースが大半です。

値動きが大きい品目や、在庫金額が大きく低価法のメリットが見込める医院では、青色申告を前提に低価法の届出を検討します。判断に迷う場合は顧問税理士に相談してください。

3-4. 取得価額には引取運賃などの付随費用を含む

棚卸資産の単価（取得価額）には、購入代価のほか、引取運賃・購入手数料など仕入れに直接かかった付随費用を含めるのが原則です。ただし、付随費用が少額（おおむね取得価額の3%以内など）であれば取得価額に含めない処理も認められており、実務上は納品書・請求書の本体価格で評価することがほとんどです。

💡 消費税の補足：課税事業者の場合、棚卸資産は仕入れた時点で課税仕入れとして仕入税額控除の対象になり、期末に在庫として残っていても当期の控除額は変わりません（免税事業者・簡易課税の期間は影響しません）。なお、免税事業者から課税事業者になる年（またはその逆）には「棚卸資産に係る消費税額の調整」という別論点が生じます。第10回で扱う消費税の判断とあわせて確認してください。

4. 消耗品の特例｜「毎年一定量・経常消費」なら買った年に経費でよい

4-1. 少額・経常消費の消耗品は棚卸不要

理屈の上では、決算日に未使用の手袋やマスクが1箱残っていれば資産計上すべきです。しかし、それを厳密にやると現場が回りません。そこで税務上、事務用消耗品・作業用消耗品その他これに準ずる棚卸資産で、毎年おおむね一定数量を取得し、かつ、経常的に消費するものについては、取得した年分の必要経費に算入してよい（＝期末に棚卸しなくてよい）という取扱いが認められています（所得税基本通達47-1）。

4-2. クリニックでの線引き

この特例を踏まえた、当事務所での実務的な線引きは次のとおりです。

• 棚卸不要（買った年の経費でよい）：手袋・マスク・消毒用アルコール・ペーパー類・印刷用紙・事務用品など、少額で毎月ほぼ一定量を消費するもの
• 棚卸が必要（期末在庫を計上する）：ワクチン・注射薬・自費の高額材料・インプラント体・物販商品など、単価が高い、または期末残量が大きく変動するもの

ポイントは「金額的な重要性」です。期末にまとまった金額・数量が残るもの、決算日直前に大量に仕入れたものは、特例に頼らずきちんと棚卸してください。

4-3. 「継続して同じ処理」が条件

この特例は、毎年継続して同じ方法で処理することが前提です。「今年は経費にして、来年は資産計上」といった年ごとの使い分けは認められません。一度決めた線引きは、原則として翌年以降も踏襲してください。

5. 期末棚卸の具体的な5ステップ

個人事業のクリニックの決算日は12月31日です。年末のあわただしい時期ですが、次の5ステップで進めれば過不足なく棚卸が完了します。

ステップ①｜棚卸日と対象品目を決める

棚卸は決算日（12月31日）時点の在庫が対象です。年末年始の診療スケジュールに合わせ、12月最終診療日の診療終了後または1月最初の診療日の開始前に実施します。あわせて、第1章の区分に従って「棚卸対象とする品目リスト」を事前に作っておきます。

ステップ②｜実地棚卸（現物の数量を数える）

棚卸表（または集計用紙）を手に、薬品棚・冷蔵庫・バックヤード・診療チェアサイドの引き出しまで、現物の数量を実際に数えます。開封済み・使いかけのものは、本数・残量を実態に即してカウントします。数え漏れを防ぐため、2人1組（数える人・記録する人）で回るのが確実です。

ステップ③｜単価を決める（最終仕入原価）

最終仕入原価法であれば、各品目について期末に最も近い時期に仕入れた納品書の単価を拾います。第7回で整理した請求書・納品書のファイルや、会計ソフトの証憑データから直近単価を確認します。

ステップ④｜棚卸表を作成する

「品目×数量×単価＝金額」を一覧化した棚卸表を作成します。これが期末棚卸高の根拠書類となり、決算関係書類として7年間の保存義務があります（第7回参照）。

ステップ⑤｜会計ソフトへ計上し、棚卸表を保存する

棚卸表の合計額をもとに、第2章で示した決算整理仕訳（貯蔵品への振替）を会計ソフトに入力します。顧問税理士がいる場合は、棚卸表を共有すれば仕訳まで対応してもらえます。作成した棚卸表は、署名・日付を入れて年度ファイルに綴じ、7年間保存します。

6. 医科・歯科の品目別の実務ポイント

6-1. 医薬品・ワクチン

ワクチンや注射薬は単価が比較的高く、冷蔵保管で在庫が見えにくいため、計上漏れが起こりやすい代表格です。とくにインフルエンザワクチンのようにシーズン末（年末）に在庫が積み上がる品目は、期末残が大きくなりがちなので注意してください。ロット・有効期限の管理簿を兼ねると棚卸が効率化します。

6-2. 自費診療の高額材料

ヒアルロン酸・ボツリヌス製剤・点滴療法の薬剤などは、1本あたりの単価が高いため、数本の数え間違いが大きな金額差につながります。自費比率の高い医院では、これらの期末在庫が所得金額・原価率に直結します。施術記録と在庫の払い出しを突き合わせられるようにしておくと、棚卸と使用量管理の両方に役立ちます。

6-3. 歯科材料・技工物

歯科では、印象材・レジン・セメント・矯正材料・インプラント体などが棚卸資産です。一方、歯科技工所への外注技工料は、外注先で製作される委託加工であり、請求を受けた時点で「外注技工料」として費用処理するのが一般的な実務です。保険診療では補綴物の装着時に売上を計上するため、製作中の補綴物を仕掛品として厳密に資産計上するケースは多くありませんが、期末時点で未装着・未請求の技工が多額な場合は、収益・費用の対応について顧問税理士に確認してください。

6-4. 検査試薬・診療材料

院内検査の試薬は有効期限が短く、期末残量も流動的です。金額的重要性が高いもの（高額な試薬カートリッジ等）は棚卸の対象とし、少額で経常消費する一般的な診療材料は第4章の特例で経費処理する、というメリハリが現実的です。

6-5. 物販（サプリ・歯ブラシ・化粧品）

物販商品は、消費ではなく販売を目的とする明確な棚卸資産です（第5回参照）。販売用在庫は必ず期末棚卸の対象にしてください。物販は仕入と売上の対応がはっきりしているため、棚卸を通じて粗利率（第9回で扱うKPI）を把握する好材料にもなります。

7. 期限切れ・廃棄・評価損の扱い

7-1. 廃棄したものは期末在庫から外す（廃棄損）

有効期限切れの医薬品や、破損・汚染で使えなくなった材料は、実際に廃棄した分は期末在庫に含めません。廃棄した金額は、その年の損失（廃棄損・棚卸減耗等）として処理できます。

7-2. 廃棄は「証拠」を残すことが重要

廃棄損を計上するうえで税務調査の的になりやすいのが、「本当に廃棄したのか」という事実認定です。次のような記録を残してください。

• 廃棄リスト（品目・数量・単価・金額・有効期限）
• 廃棄日と廃棄方法（医療廃棄物としての処理委託票・マニフェスト等があれば添付）
• 可能であれば廃棄前の写真や立会者の記録

記録のない「帳簿上だけの廃棄」は否認されやすいため、廃棄の都度、証跡を残す運用にしておくと安全です。

7-3. 評価損（値下がりによる切り下げ）は要件が厳しい

「売れ残った物販を値下げしたい」といった評価損（時価への切り下げ）は、低価法を選択している場合や、災害・著しい陳腐化など所定の事実がある場合に限って認められ、単なる「売れ行き不振」では計上できません。安易な評価損の計上は避け、計上する場合は要件該当性を顧問税理士に確認してください。

8. 税務調査で在庫はこう見られる

8-1. 在庫の計上漏れは「利益の繰り延べ」として狙われる

第2章で見たとおり、期末在庫を計上しないと所得が過少になります。税務署はこれを熟知しており、在庫の計上漏れは税務調査の定番の指摘事項です。とくに開業当初は在庫管理の体制が未整備なことが多く、調査官も重点的に確認してきます。

8-2. 「期末直前の大量仕入れ」は特に注意

決算月に医薬品・材料を大量に仕入れて経費を膨らませ、その在庫を期末に計上していない――というパターンは、仕入の計上と在庫の計上の不整合としてすぐに見抜かれます。期末近くにまとまった仕入れがあった場合は、その在庫が期末棚卸高にきちんと反映されているかを必ず確認してください。

8-3. 棚卸表・帳簿・現物の三者が整合しているか

調査では、①棚卸表（金額の根拠）、②帳簿（計上額）、③発注・納品記録の整合性が見られます。棚卸表が手元になかったり、毎年同じ「丸い数字」が並んでいたりすると、実地棚卸をしていないのではと疑われます。毎年きちんと現物を数え、根拠ある棚卸表を残すことが、最大の調査対策です。

⚠ 注意：在庫の計上漏れが単なる失念であれば過少申告加算税・延滞税の対象ですが、意図的に在庫を除外して所得を圧縮した（隠蔽・仮装）と判断されると、重加算税の対象となります。在庫は「見えにくいからこそ、正直に・継続して」が鉄則です。

9. 在庫管理を仕組み化する｜開業時に決める5つのこと

最後に、ここまでの内容を開業準備期に決めておくべき5項目に整理します。

• 棚卸対象品目の線引きを決める：高額・変動の大きい品目（医薬品・自費材料・物販）は棚卸、少額・経常消費品（手袋・マスク等）は経費、と最初に決める（第1章・第4章）
• 評価方法を決める：原則は届出不要の最終仕入原価法。低価法を使う場合のみ期限内に届出（第3章）
• 在庫の置き場と管理簿を一本化する：薬品棚・冷蔵庫・物販棚ごとに定位置を決め、有効期限管理簿と棚卸を兼ねる
• 棚卸日を決算ルーティンに組み込む：12月最終診療日に実施、と毎年固定化する（第5章）
• 棚卸表のフォーマットと共有方法を決める：会計ソフト・顧問税理士との共有方法を開業時に決め、7年保存の流れに乗せる（第7回）

過剰在庫は資金繰り（第3回参照）と期限切れ廃棄の両面でロスを生みます。「必要な分だけ仕入れ、期末に正しく数える」を開業初年度から習慣化することが、利益の精度と調査耐性を同時に高めます。

10. まとめ｜在庫は「正しく数えて、継続して計上する」

本記事では、医薬品・消耗品在庫の管理と棚卸を解説しました。ポイントを整理します。

• 医薬品・診療材料・物販で決算日に残っている分は「経費」ではなく「資産（棚卸資産）」。繰り返し使う機器は固定資産、少額・経常消費品は消耗品費と区別する
• 売上原価＝期首棚卸高＋当期仕入高−期末棚卸高。在庫を計上しないと利益が過少になり、税務調査で否認される
• 会計処理は仕入時に費用計上＋期末に貯蔵品へ振替（洗替法）が基本
• 評価方法は届出不要の最終仕入原価法で足りることが多い。低価法は青色申告者のみ・要届出
• 毎年一定量・経常消費の少額消耗品は買った年の経費でよい（継続適用が条件）
• 期末棚卸は5ステップ（棚卸日決定→実地カウント→単価決定→棚卸表作成→計上・保存）。棚卸表は7年保存
• 期限切れの廃棄は証拠を残す。在庫の計上漏れは調査の定番、意図的な除外は重加算税のリスク

在庫管理は、次回扱う月次決算と経営数値（原価率・粗利）の精度を支える土台でもあります。「正しく数えて、継続して計上する」を徹底してください。

11. 次回予告｜第9回 月次決算で見るクリニックの経営数値

次回（第9回）は、「月次決算で見るクリニックの経営数値｜院長が押さえるべき5つのKPI」を取り上げます。本記事で整えた在庫管理を含め、保険診療売上・自費売上・人件費・材料費といった日々のデータを月次決算としてまとめ、院長が経営判断に使うべき5つのKPI（人件費率・原価率・営業利益率など）の見方を、医科歯科専門の税理士の実務目線で解説する予定です。